Giữa năm 2023, Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình nhận được thông báo của cơ quan thuế về các khoản nợ đối với ngân sách nhà nước. Trong đó có nợ thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 9 tỷ đồng, hai khoản tiền chậm nộp hơn 10 tỷ đồng; nợ tiền thuê đất gần 469 tỉ đồng, tiền chậm nộp hơn 345 tỷ đồng. Do không chi trả theo đúng hạn, đến hết năm 2023, khoản nợ xấu phát sinh nên tổng số tiền nợ thuế của khu liên hợp vào khoảng 930 tỷ đồng.
Khu liên hợp từng bị cưỡng chế hóa đơn và phong tỏa tài khoản. Nhưng thời gian qua, cơ quan thuế đã áp dụng cưỡng chế bằng biện pháp trích tiền từ tài khoản của khu liên hợp. Tình hình tài chính của đơn vị này hiện đang đặc biệt khó khăn.
Là sân vận động quốc gia song "chảo lửa" Mỹ Đình nhiều lần bị chê là có cơ sở hạ tầng xuống cấp, bao gồm chất lượng mặt cỏ kém và khán đài nhếch nhác. Dù được đầu tư nhiều tiền để trang bị và sửa sang lại nhưng cơ sở vật chất vẫn được đánh giá không cao. Thời gian tới nếu không có tiền để duy trì, bảo dưỡng, nhiều hạng mục tại đây có nguy cơ xuống cấp hơn nữa.
Mới đây nhất, ĐTVN có 1 trận đấu trên sân Mỹ Đình trong khuôn khổ vòng loại WC 2026 khu vực Châu Á tiếp đối thủ Iraq. Dù đã được chuẩn bị kỹ lưỡng nhưng SVDQG của Việt Nam vẫn bị HLV của ĐT Iraq và chính ông Troussier “chê” mặt sân không tốt, ảnh hưởng đến chất lượng chuyên môn của trận đấu.